/shop/
, то на таком проекте он может находиться в домене третьего уровня shop.сайт.ru
.Такой подход организации сайта выглядит интересным, но с ним появляются проблемы. А именно проблемы с сессионными файлами PHP. Ведь при авторизации на сайте данные сессии сохраняются на определённый домен. И чтобы распространить их использование на поддомены, необходимо прописать следующую директиву в файле htaccess в корневой папке сайта.
php_value session.cookie_domain ".domain.com"
Замените в этой строке "domain.com" на свой домен. Обратите внимание на точку в начале, именно из-за неё происходит распространение сессии на поддомены.Для проверки правильности установки директивы можно создать файл с вызовом phpinfo(), в котором можно найти установленное значение:

Но если проект уже стартовал и пользователи создали разные сессионный файлы для всех поддоменов, то придётся сделать глобальное удаление сессий, чтобы у всех пользователей снялась авторизация на сайте. Это можно сделать, если удалить все файлы из папки, где хранятся файлы сессий. Путь к этой папке на сервере найти в phpinfo(). Он называется "session.save_path". В этой папке хранятся файлы:

Не забудьте, что сессионный ключ на некоторых CMS сохраняется ещё и в куки (иногда в захешированном или зашифрованном виде). Поэтому нужно очистить куки браузеров пользователей.